Culture de selles - Historique des versions

Thomas234 : Révision selon le protocole du laboratoire (selles) — demandé par Thomas

2026-10-22T16:08:52Z

Révision selon le protocole du laboratoire (selles) — demandé par Thomas

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	La culture de selles ~~en laboratoire commence par l'ensemencement d'un échantillon de~~ '''selles diarrhéiques''' ~~sur~~ des ~~milieux sélectifs et différentiels adaptés~~.		La culture de selles se fait sur des '''selles diarrhéiques''', chez un patient qui a des symptômes pouvant être associés à une infection gastro-intestinale.

	=== '''<big>~~Comment est réalisée une culture~~ de ~~selles ?~~</big>''' ===		=== '''<big>Pathogènes recherchés de routine</big>''' ===

	* Les milieux couramment utilisés incluent la '''gélose MacConkey''', la '''gélose Hektoen''', la '''gélose XLD''' (xylose lysine désoxycholate) et la '''gélose ''Campylobacter''''', permettant d'isoler respectivement les entérobactéries (''Salmonella'', ''Shigella''), ''Campylobacter'' ~~et d'autres pathogènes entériques~~.		* [[Salmonella spp\|''Salmonella'' sp.]]
	* ~~Après incubation (généralement '''24-48 h à 35-37 °C''~~'~~), les colonies suspectes sont identifiées par des tests biochimiques, sérologiques ou par spectrométrie de masse (~~'''~~[[MALDI-TOF~~]]''').		* ''Shigella'' sp.
	* ~~La détection de ''~~'~~Shiga-toxine~~''' ~~(pour les STEC) se fait par immuno-essai ou par amplification génique (TAAN)~~.		* ''Campylobacter'' sp.
			* [[Escherichia coli\|''Escherichia coli'']] O157
			* ''Aeromonas'' sp.
			* ''Plesiomonas'' sp.

	=== '''<big>~~Pathogènes typiquement recherchés~~ et ~~rapportés~~</big>''' ===		<div style="border-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">
			'''Pour ''Yersinia'' et ''Vibrio'', faire une demande spécifique.''' Sans demande, le rapport négatif ne les mentionne pas.
			</div>

			=== '''<big>Délais et rapport préliminaire</big>''' ===

			* Après '''24 h''', si rien n'est trouvé : « Recherche négative après 24h d'incubation pour ''Salmonella'', ''Shigella'', ''E. coli'' O157, ''Aeromonas'' et ''Plesiomonas''. Recherche de ''Campylobacter'' en cours. »
			* Un rapport préliminaire est émis dès qu'un pathogène est trouvé.

			=== '''<big>Comment lire le rapport</big>''' ===

			* Pathogène trouvé : « '''Présence''' » de ce pathogène (non quantifié), avec antibiogramme s'il y a lieu.
			* « Présence de '''flore entérique perturbée''' » : absence d'entérobactéries dans la flore.
			* « Absence de flore entérique » : aucune croissance.
			* ''Campylobacter'' : « recherche sous-optimale » si d'autres bactéries ont trop poussé.
			* ''Staphylococcus aureus'' et ''Pseudomonas aeruginosa'' : rapportés seulement en culture pure ; levures, seulement si prédominantes ou en culture pure.

	~~Les pathogènes typiquement recherchés et rapportés dans les résultats de culture standard sont :~~		=== '''<big>Antibiogramme</big>''' ===

	* ~~[[Salmonella spp\|~~''Salmonella'' ~~spp.]]~~		* Fait pour : ''Salmonella'', ''Shigella'', ''Campylobacter'', ''Aeromonas'', ''Plesiomonas'', ''Vibrio'', ''Yersinia'', ''Edwardsiella tarda''.
	* ''Shigella'' ~~spp.~~		* '''Pas pour ''E. coli'' O157''' : le rapport indique « Traitement antibiotique non indiqué pour ce pathogène ».
	* ''Campylobacter'' ~~spp.~~
	* [[Escherichia coli\|''~~Escherichia coli~~''~~]] producteurs de Shiga-toxine (STEC~~, ~~dont O157:H7)~~
	* ''~~Aeromonas~~'' ~~spp~~.
	* ''~~Plesiomonas~~'' ~~spp~~.

	<~~div style="border~~-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">		=== '''<big>''E. coli'' O157 et Shiga-toxines</big>''' ===
	'''La ~~recherche d~~'~~autres bactéries~~ (''~~Yersinia~~'', ''~~Vibrio~~''~~…) nécessite une demande spécifique et des milieux particuliers~~.'''
	~~</div>~~		* La culture cherche ''E. coli'' O157. La détection des '''Shiga-toxines''' (Stx1 et Stx2, les STEC) est une '''analyse PCR distincte'''.
			* Un ''E. coli'' O157 est d'abord rapporté avec le commentaire « identification présomptive ». Le résultat définitif suit le PCR Shiga-toxine (ou la confirmation par le LSPQ).

	=== '''<big>Et les tests moléculaires ?</big>''' ===		=== '''<big>Et les tests moléculaires ?</big>''' ===

	* ~~Les laboratoires peuvent également utiliser des~~ '''tests moléculaires multiplex (PCR)''' ~~pour~~ augmenter la sensibilité et accélérer le diagnostic, '''mais la culture reste essentielle pour l'antibiogramme et la surveillance épidémiologique'''.		* Des '''tests moléculaires multiplex (PCR)''' peuvent augmenter la sensibilité et accélérer le diagnostic, '''mais la culture reste essentielle pour l'antibiogramme et la surveillance épidémiologique'''.
	* ~~Les~~ PCR sont '''généralement réservés aux patients immunosupprimés~~'''. Ils permettent toutefois d'identifier la présence de '''plus de 10 pathogènes différents~~'''.		* Ces PCR sont '''généralement réservés aux patients immunosupprimés'''.

	Voir [[Tests moléculaires (PCR et TAAN)]].		Voir [[Tests moléculaires (PCR et TAAN)]].
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	'''Pour le diagnostic du ''[[Clostridioides difficile]]'', ce n'est pas une culture de selles qui est effectuée.'''		'''Pour le diagnostic du ''[[Clostridioides difficile]]'', ce n'est pas une culture de selles qui est effectuée.'''
	</div>		</div>

	~~La démarche est la suivante :~~

	* On procède d'abord à la '''détection de l'antigène''' du ''C. difficile''.		* On procède d'abord à la '''détection de l'antigène''' du ''C. difficile''.
	* Si ~~le résultat est '''~~positif~~'''~~, on recherche la '''toxine A et B'~~'' du ''C. difficile~~''.		* Si positif, on recherche la '''toxine A et B'''. Positive = '''diagnostic confirmé'''. Négative = '''équivoque'''.
	** Si le résultat est '''positif''' = '''diagnostic confirmé'''		* Si équivoque, une '''TAAN''' recherche le '''gène de la toxine B''' et tranche.
	** Si le résultat est '''négatif''' = ~~c'est~~ '''équivoque''' ~~(antigène + et toxine −)~~
	* ~~On procède alors par~~ '''TAAN''' ~~à la~~ recherche du '''gène de la toxine B'''~~. Celui-ci confirmera ou infirmera le diagnostic~~.

	{\| class="wikitable" style="border-collapse:collapse"		{\| class="wikitable" style="border-collapse:collapse"

Thomas234 le 22 octobre 2026 à 00:21

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	=== '''<big>Comment est réalisée une culture de selles ?</big>''' ===		=== '''<big>Comment est réalisée une culture de selles ?</big>''' ===

	* Les milieux couramment utilisés incluent la '''gélose MacConkey''', la '''gélose Hektoen''', la '''gélose XLD''' (xylose lysine désoxycholate) et la '''gélose ~~au sang de~~ ''Campylobacter''''', permettant d'isoler respectivement les entérobactéries (''Salmonella'', ''Shigella''), ''Campylobacter'' et d'autres pathogènes entériques.		* Les milieux couramment utilisés incluent la '''gélose MacConkey''', la '''gélose Hektoen''', la '''gélose XLD''' (xylose lysine désoxycholate) et la '''gélose ''Campylobacter''''', permettant d'isoler respectivement les entérobactéries (''Salmonella'', ''Shigella''), ''Campylobacter'' et d'autres pathogènes entériques.
	* Après incubation (généralement '''24-48 h à 35-37 °C'''), les colonies suspectes sont identifiées par des tests biochimiques, sérologiques ou par spectrométrie de masse ('''[[MALDI-TOF]]''').		* Après incubation (généralement '''24-48 h à 35-37 °C'''), les colonies suspectes sont identifiées par des tests biochimiques, sérologiques ou par spectrométrie de masse ('''[[MALDI-TOF]]''').
	* La détection de '''Shiga-toxine''' (pour les STEC) se fait par immuno-essai ou par amplification génique (TAAN).		* La détection de '''Shiga-toxine''' (pour les STEC) se fait par immuno-essai ou par amplification génique (TAAN).

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La culture de selles en laboratoire commence par l'ensemencement d'un échantillon de '''selles diarrhéiques''' sur des milieux sélectifs et différentiels adaptés.

=== '''<big>Comment est réalisée une culture de selles ?</big>''' ===

* Les milieux couramment utilisés incluent la '''gélose MacConkey''', la '''gélose Hektoen''', la '''gélose XLD''' (xylose lysine désoxycholate) et la '''gélose au sang de ''Campylobacter''''', permettant d'isoler respectivement les entérobactéries (''Salmonella'', ''Shigella''), ''Campylobacter'' et d'autres pathogènes entériques.
* Après incubation (généralement '''24-48 h à 35-37 °C'''), les colonies suspectes sont identifiées par des tests biochimiques, sérologiques ou par spectrométrie de masse ('''[[MALDI-TOF]]''').
* La détection de '''Shiga-toxine''' (pour les STEC) se fait par immuno-essai ou par amplification génique (TAAN).

=== '''<big>Pathogènes typiquement recherchés et rapportés</big>''' ===

Les pathogènes typiquement recherchés et rapportés dans les résultats de culture standard sont :

* [[Salmonella spp|''Salmonella'' spp.]]
* ''Shigella'' spp.
* ''Campylobacter'' spp.
* [[Escherichia coli|''Escherichia coli'']] producteurs de Shiga-toxine (STEC, dont O157:H7)
* ''Aeromonas'' spp.
* ''Plesiomonas'' spp.

<div style="border-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">
'''La recherche d'autres bactéries (''Yersinia'', ''Vibrio''…) nécessite une demande spécifique et des milieux particuliers.'''
</div>

=== '''<big>Et les tests moléculaires ?</big>''' ===

* Les laboratoires peuvent également utiliser des '''tests moléculaires multiplex (PCR)''' pour augmenter la sensibilité et accélérer le diagnostic, '''mais la culture reste essentielle pour l'antibiogramme et la surveillance épidémiologique'''.
* Les PCR sont '''généralement réservés aux patients immunosupprimés'''. Ils permettent toutefois d'identifier la présence de '''plus de 10 pathogènes différents'''.

Voir [[Tests moléculaires (PCR et TAAN)]].

=== '''<big>Le ''Clostridioides difficile''</big>''' ===

<div style="border-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">
'''Pour le diagnostic du ''[[Clostridioides difficile]]'', ce n'est pas une culture de selles qui est effectuée.'''
</div>

La démarche est la suivante :

* On procède d'abord à la '''détection de l'antigène''' du ''C. difficile''.
* Si le résultat est '''positif''', on recherche la '''toxine A et B''' du ''C. difficile''.
** Si le résultat est '''positif''' = '''diagnostic confirmé'''
** Si le résultat est '''négatif''' = c'est '''équivoque''' (antigène + et toxine −)
* On procède alors par '''TAAN''' à la recherche du '''gène de la toxine B'''. Celui-ci confirmera ou infirmera le diagnostic.

{| class="wikitable" style="border-collapse:collapse"
! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Détection antigène
! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Recherche toxine
! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | TAAN / PCR<br><small>(gène toxine B)</small>
! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Interprétation du résultat
|-
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | +
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | +
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | X
| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | Infection
|-
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | −
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | −
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | X
| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | Pas d'infection
|-
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | +
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | −
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | +
| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | Infection
|-
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | +
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | −
| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | −
| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px; text-align:center;" | Porteur sain
|}

<small>« X » = test non effectué / non requis à cette étape de l'algorithme.</small>

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Voir aussi : [[Clostridioides difficile]] · [[Tests moléculaires (PCR et TAAN)]] · [[Tests de laboratoires]]

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Thomas234 le 22 octobre 2026 à 00:21

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