Culture respiratoire

La culture des sécrétions des voies respiratoires inférieures cherche les germes d'une pneumonie ou d'une exacerbation de MPOC, et leur sensibilité aux antibiotiques. Elle aide à diriger ou à restreindre l'antibiothérapie.

Dans 40 à 60 % des cas, aucune bactérie pathogène n'est isolée. Une culture négative n'élimine donc pas une pneumonie.

Pourquoi la culture est souvent négative

• Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Legionella et les virus ne poussent pas sur les milieux conventionnels.
• Streptococcus pneumoniae est autolytique et peut ne pas pousser.
• Un traitement déjà débuté peut négativer la culture.
• L'échantillon est facilement contaminé par les sécrétions des voies respiratoires supérieures.
  • Les échantillons de bonnes qualités lors d'une culture d'expectorations sont rares.

Prélèvements acceptés

• Non invasifs : expectoration, sécrétions trachéales ou endotrachéales
• Invasifs : bronchoscopie (aspiration et lavage bronchiques, lavage bronchoalvéolaire, brosse protégée)

Bien prélever une expectoration

• Contenant stérile, bouchon vissé de façon étanche.
• Si possible, après rinçage de la bouche et gargarisme.
• Expliquer au patient de ne pas cracher de salive ni d'écoulement nasal postérieur.
• Recueillir l'expectoration d'une toux profonde.

Transport

• À la température de la pièce, le plus rapidement possible.
• Idéalement travaillée en moins de 2 heures. Au-delà, on perd des germes fragiles (S. pneumoniae, H. influenzae) et la flore des voies respiratoires supérieures risque de surcroître.

Pièges : échantillons rejetés ou « sous réserve »

• Expectoration souillée de salive (jugée à l'examen direct) : rejetée, l'unité doit refaire le prélèvement.
• Expectoration dans un contenant ouvert : rejetée.
• Spécimen non invasif ensemencé plus de 24 h après le prélèvement : rapporté « Résultat sous réserve ».
• Spécimen de bronchoscopie non conforme : pas rejeté, mais rapporté « Résultat sous réserve ».
• Recherche d'anaérobies : rarement pertinente, sur demande seulement.

Délais

• Rapport préliminaire après le Gram, puis après la première lecture à 24 h.
• Culture d'au moins 48 h (72 h pour un lavage bronchoalvéolaire de type LBA2 ou une brosse protégée).

Comment lire le rapport

• La flore est toujours rapportée et quantifiée (+ à ++++), sauf si la culture est totalement négative.
• Les pathogènes sont rapportés selon trois groupes :

Groupe	Quand le germe est rapporté avec antibiogramme	Exemples
A	Toujours, peu importe la quantité	P. aeruginosa, S. maltophilia, Acinetobacter, SARM, streptocoque β-hémolytique, BGN d'un spécimen invasif
B	À 3+ ou 4+, en culture pure, ou si vu à l'examen direct	S. aureus, S. pneumoniae, Haemophilus, Moraxella catarrhalis, autres BGN (spécimen non invasif)
C	Spécimen invasif seulement, à 3+ ou 4+ et en culture pure. Sinon : identification seulement	Streptococcus viridans, staphylocoque à coagulase négative, Enterococcus, Corynebacterium

Culture pure : plus de 90 % des colonies. Haemophilus et M. catarrhalis : recherche de β-lactamase seulement, sans antibiogramme.

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Voir aussi : Antibiogramme · MALDI-TOF · Tests de laboratoires