Culture respiratoire
De Microguide.ca
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La culture des sécrétions des voies respiratoires inférieures cherche les germes d'une pneumonie ou d'une exacerbation de MPOC, et leur sensibilité aux antibiotiques. Elle aide à diriger ou à restreindre l'antibiothérapie.
Dans 40 à 60 % des cas, aucune bactérie pathogène n'est isolée. Une culture négative n'élimine donc pas une pneumonie.
Pourquoi la culture est souvent négative
- Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Legionella et les virus ne poussent pas sur les milieux conventionnels.
- Streptococcus pneumoniae est autolytique et peut ne pas pousser.
- Un traitement déjà débuté peut négativer la culture.
- L'échantillon est facilement contaminé par les sécrétions des voies respiratoires supérieures.
Prélèvements acceptés
- Non invasifs : expectoration, sécrétions trachéales ou endotrachéales
- Invasifs : bronchoscopie (aspiration et lavage bronchiques, lavage bronchoalvéolaire, brosse protégée)
Bien prélever une expectoration
- Contenant stérile, bouchon vissé de façon étanche.
- Si possible, après rinçage de la bouche et gargarisme.
- Expliquer au patient de ne pas cracher de salive ni d'écoulement nasal postérieur.
- Recueillir l'expectoration d'une toux profonde.
Transport
- À la température de la pièce, le plus rapidement possible.
- Idéalement travaillée en moins de 2 heures. Au-delà, on perd des germes fragiles (S. pneumoniae, H. influenzae) et la flore des voies respiratoires supérieures risque de surcroître.
Pièges : échantillons rejetés ou « sous réserve »
- Expectoration souillée de salive (jugée à l'examen direct) : rejetée, l'unité doit refaire le prélèvement.
- Expectoration dans un contenant ouvert : rejetée.
- Spécimen non invasif ensemencé plus de 24 h après le prélèvement : rapporté « Résultat sous réserve ».
- Spécimen de bronchoscopie non conforme : pas rejeté, mais rapporté « Résultat sous réserve ».
- Recherche d'anaérobies : rarement pertinente, sur demande seulement.
Délais
- Rapport préliminaire après le Gram, puis après la première lecture à 24 h.
- Culture d'au moins 48 h (72 h pour un lavage bronchoalvéolaire de type LBA2 ou une brosse protégée).
Comment lire le rapport
- La flore est toujours rapportée et quantifiée (+ à ++++), sauf si la culture est totalement négative.
- Les pathogènes sont rapportés selon trois groupes :
| Groupe | Quand le germe est rapporté avec antibiogramme | Exemples |
|---|---|---|
| A | Toujours, peu importe la quantité | P. aeruginosa, S. maltophilia, Acinetobacter, SARM, streptocoque β-hémolytique, BGN d'un spécimen invasif |
| B | À 3+ ou 4+, en culture pure, ou si vu à l'examen direct | S. aureus, S. pneumoniae, Haemophilus, Moraxella catarrhalis, autres BGN (spécimen non invasif) |
| C | Spécimen invasif seulement, à 3+ ou 4+ et en culture pure. Sinon : identification seulement | Streptococcus viridans, staphylocoque à coagulase négative, Enterococcus, Corynebacterium |
Culture pure : plus de 90 % des colonies. Haemophilus et M. catarrhalis : recherche de β-lactamase seulement, sans antibiogramme.
Voir aussi : Antibiogramme · MALDI-TOF · Tests de laboratoires