Culture d'urine

La culture d'urine sert à identifier l'agent d'une infection urinaire (IU) et à guider l'antibiothérapie. Le laboratoire recherche, compte et identifie les pathogènes urinaires potentiels, et fait l'antibiogramme selon des critères précis.

Prélèvement et transport

Urine du milieu de jet (méthode préférée) après toilette périnéale soigneuse, dans un flacon stérile
Sonde urinaire : prélever après clampage
À envoyer au laboratoire dans les 2 heures, ou garder à 4 °C au maximum 24 h

Le type de prélèvement change le travail du laboratoire

Catégorie	Exemples	Ce que fait le laboratoire
Non invasif	Mi-jet, sonde / sonde à demeure, sac collecteur	Culture 18-24 h. Interprétation selon le nombre d'organismes et de colonies.
Invasif mineur	Cathétérisme, auto-cathétérisme, cystoscopie	Culture 18-24 h. Jusqu'à 3 pathogènes à ≥ 10 colonies sont identifiés avec antibiogramme.
Invasif majeur	Ponction sus-pubienne, néphrostomie, pyélostomie	Culture 48 h. Tout organisme est identifié, peu importe le nombre de colonies.

Préciser le mode de prélèvement sur la requête.

Comment lire le décompte

Le résultat est rapporté en UFC/L. La conversion dépend de l'anse utilisée (1 µL ou 10 µL) :

Colonies sur la gélose	Anse 1 µL	Anse 10 µL
1-9	≥ 10⁶ à < 10⁷ UFC/L	≥ 10⁵ à < 10⁶ UFC/L
10-99	≥ 10⁷ à < 10⁸ UFC/L	≥ 10⁶ à < 10⁷ UFC/L
≥ 100	≥ 10⁸ UFC/L	≥ 10⁷ UFC/L

Pour un prélèvement non invasif avec un seul organisme : un pathogène potentiel à ≥ 10 colonies est identifié avec antibiogramme ; < 10 colonies = contamination probable.
Culture négative : « Culture négative < 10⁶ UFC/L » ou « < 10⁵ UFC/L », selon l'anse utilisée.

« Contamination probable » au rapport

« Contamination probable : X espèce(s), un autre prélèvement pourrait être utile si cliniquement indiqué. » Aucun germe n'est travaillé.
« Associé(s) à X espèce(s) contaminante(s) » : un pathogène est rapporté, accompagné d'autres germes non significatifs.
Écrire « tout travailler » sur la requête ne change rien : le laboratoire applique le protocole. Un antibiogramme peut être fait après entente avec le microbiologiste.

Germes rapportés

Pathogènes potentiels

Bacilles à Gram négatif : par exemple E. coli, Klebsiella spp., Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa
Enterococcus sp.
Staphylococcus saprophyticus
Staphylococcus aureus : une bactériurie à S. aureus est toujours suspecte ; rechercher une bactériémie (voir Hémocultures)
Streptocoque β-hémolytique, surtout le groupe B chez la femme enceinte
Plus rarement : levures, staphylocoque à coagulase négative, Aerococcus

Habituellement considérés comme de la flore

Streptococcus du groupe viridans, Lactobacillus, bactéries corynéformes, anaérobies

Piège : la grossesse

Chez la femme de 15 à 45 ans, le Streptococcus agalactiae est rapporté peu importe la quantité. Son antibiogramme est fait seulement si la requête mentionne une grossesse (ou si l'urine provient d'un centre d'obstétrique ou d'une clinique de suivi de grossesse).

Demandes spéciales

Recherche de levures ou d'anaérobies : sur demande.
Antifongigramme : seulement à la demande du médecin.

Voir aussi : Antibiogramme · MALDI-TOF · Tests de laboratoires