Culture de pus
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Rôles d'une culture de pus
La culture sert à identifier l'agent causal d'une infection, pas à prouver l'existence d'une infection : on effectue la culture seulement si on suspecte une infection.
- Identifier l'agent causal d'une infection plutôt que de prouver l'existence d'une infection
- Réduire le spectre des antibiotiques initialement débutés
- Détecter des germes résistants
- Peut modifier la durée de traitement
Généralement, les plaies sont classifiées selon le spectre d'invasion bactérien suivant :
- Colonisation
- Infection locale
- Infection systémique
Superficiel ou profond
| Superficiel | Profond | |
|---|---|---|
| Site stérile | Non | Oui |
| Présence de flore | Oui | Non |
| Prélèvement | Écouvillon | Aspiration idéalement Tissus infectés Écouvillon |
| Bactéries travaillées | Aérobes | Aérobes Anaérobes |
| Protocole au laboratoire | 48-72 h maximum Peu de matériel |
Minimum 72 h Plus de matériel Travail fastidieux |
Le Gram : le premier résultat disponible
Le Gram va être le premier résultat auquel le clinicien aura accès.
Il sera rapporté selon :
- Le Gram (+ ou −)
- La forme de la bactérie (bacille, cocci, chaîne, amas, etc.)
- Un score de GB et de bactéries (nombre de +)
Score de GB et de bactéries
| Quantité | Globules blancs (100X) | Morphologie bactérienne (1000X) |
|---|---|---|
| Absence | 0 | 0 |
| + | 0-1 | 0-1 |
| ++ | 2-5 | 2-9 |
| +++ | 6-30 | 10-25 |
| ++++ | > 30 | > 25 |
Pour en apprendre plus sur les morphologies au Gram, se référer à la section classification bactérienne.
Interprétation de l'examen direct
L'examen direct est relativement sensible, donc peu spécifique : il voit les bactéries de la flore autant que celles qui causent l'infection.
Il faut donc l'interpréter à la lumière des éléments suivants.
1. Globules blancs (GB)
- Corrèlent avec la présence de pus (pus = GB) et avec le risque d'infection / d'inflammation
- Le risque d'infection est habituellement proportionnel à la quantité retrouvée à l'examen direct
- Si immunosupprimé ou neutropénique : possible d'avoir aucun GB même en présence d'infection
2. Morphologies bactériennes
- La quantité retrouvée corrèle avec la quantité d'inoculum bactérien dans le pus
- Présence de bactérie dans un milieu stérile = infection
- Présence de multiples morphologies bactériennes = flore bactérienne probable vs infection polymicrobienne. Il faut corréler les morphologies obtenues avec le contexte clinique et l'endroit du prélèvement
- Ne change habituellement pas la conduite (la couverture empirique devrait tout couvrir), mais des surprises sont possibles
- Par exemple, pus superficiel cutané avec présence d'un bacille à Gram négatif : penser à Aeromonas / entérobactérie selon la clinique
- Se référer aux flores attendues selon le site clinique
- Donc, la présence de bactéries à l'examen direct n'égale pas absolument une infection : c'est toujours selon la clinique et le site du prélèvement
- L'examen direct n'a pas une sensibilité de 100 % : l'absence de bactérie n'élimine pas une infection, elle en diminue la probabilité
3. Absence de GB et de bactéries
- Va habituellement en défaveur d'une infection
- N'exclut pas une infection, en diminue la probabilité. Il ne faut jamais arrêter des antibiotiques sur la base d'un examen direct négatif.
- Quelques causes de faux négatifs :
- Mauvaise technique de prélèvement
- Délais de transport
- Antibiotiques reçus avant la culture
- Infection paucibacillaire (la cellulite contient peu de micro-organismes)
Interprétation d'un rapport de culture
Que veulent dire les « + » sur le rapport de culture ?
Ils correspondent à la quantité de colonies retrouvées sur la gélose. Plus la bactérie persiste malgré l'épuisement sur la gélose (présence sur les 2e et 3e quadrants), plus grand était l'inoculum au sein du pus prélevé.
Tableau d'interprétation tiré de l'ACE-PTM du CHU de Québec :
| 1er quadrant | 2e quadrant | 3e quadrant | |
|---|---|---|---|
| + | < 10 colonies | − | − |
| ++ | ≥ 10 colonies | < 5 colonies | − |
| +++ | − | ≥ 5 colonies | < 5 colonies |
| ++++ | − | − | ≥ 5 colonies |
Comment continuer l'interprétation du prélèvement ?
Il faut faire concorder tous les éléments amassés jusqu'à maintenant, dans l'ordre chronologique :
- Clinique du patient
- Site, conditions et technique de prélèvement
- Éléments à l'examen direct (GB et morphologies au Gram)
- Première lecture de la culture à 24 h
- Deuxième lecture de la culture à 48 h
Tous ces éléments sont mis en relation et ne peuvent pas être interprétés indépendamment les uns des autres. Comme clinicien, vous êtes au courant des points 1 et 2 : si l'indication de culture était plus ou moins présente et que la technique de prélèvement était perfectible, vous allez interpréter les points subséquents en conséquence.
Pour la suite, prenons pour acquis que le patient a une infection et que le prélèvement a été fait au bloc de façon stérile. La prochaine étape est de mettre en relation lexamen direct et la culture.
Concordance examen direct ↔ culture
Examen direct négatif (GB ou pas, absence de bactéries)
- Culture négative à 24 h
- Culture probablement négative
- Être patient, 2e lecture à 48 h
- Culture négative à 48 h
- Concorde avec l'examen direct. Si la clinique du patient était infectieuse, on continue le traitement amorcé. Sinon, on peut arrêter les antibiotiques.
- Culture positive (flore ou bactérie(s) identifiée(s))
- Pas de discordance, car l'examen direct n'est pas sensible à 100 %. On considère que la culture est positive.
Examen direct positif (GB ou pas, présence de bactéries)
- Culture négative à 24 h
- Être patient, 2e lecture à 48 h
- Culture négative à 48 h
- Discordance ! Réévaluer le contexte clinique. Si la clinique du patient était infectieuse, on continue le traitement amorcé. Si l'examen direct était fortement positif (+++ ou ++++), considérer la possibilité d'une flore. Sinon, contacter le laboratoire ou le microbiologiste de garde pour un avis : il se peut que la bactérie retrouvée à l'examen direct n'ait pas survécu lors de l'ensemencement, ou que les conditions de culture n'étaient pas optimales.
- Culture positive (flore ou bactérie(s) identifiée(s))
- Mêmes Gram → Concordant ! On peut ajuster la thérapie en fonction des bactéries identifiées et de leurs facteurs de risque de résistance.
- Gram supplémentaires → Aucun problème, concordant. L'examen direct n'est pas sensible à 100 %. On peut ajuster la thérapie en fonction des bactéries identifiées et de leurs facteurs de risque de résistance.
- Gram discordants → Le laboratoire effectuera automatiquement une révision de l'examen direct (la coloration de Gram peut être variable et la lecture est subjective) et pourra corriger le rapport au besoin. Il se peut que le microbiologiste de garde vous contacte pour des informations supplémentaires.
Voir aussi : MALDI-TOF · Antibiogramme · Tests de laboratoires