« Culture de liquides biologiques stériles » : différence entre les versions

Dernière version du 22 octobre 2026 à 16:08

Au laboratoire, le LCR suit le protocole des « liquides biologiques stériles ». Un liquide biologique stérile positif est une valeur critique : le résultat est téléphoné.

Liquides couverts par ce protocole

LCR (incluant LCR ventriculaire et LCR de dérivation ventriculo-péritonéale)
Liquide synovial (incluant prothèse articulaire)
Liquide pleural, d'ascite, péricardique, de dialyse péritonéale
Liquide amniotique, moelle osseuse, humeur aqueuse et humeur vitrée

Les liquides qui peuvent contenir de la flore (drain, bile) suivent plutôt le protocole du pus profond (voir Culture de pus).

Au laboratoire

L'analyse est faite dès la réception, en évitant les délais.
Les renseignements cliniques sont lus pour tenir compte du risque : les écrire sur la requête.
Pas de demande spéciale, sauf avis contraire du microbiologiste.
Le spécimen est conservé 7 jours à 4 °C.

Gram : le premier résultat

Un Gram est fait sur le liquide et rapporté dans un rapport préliminaire.

Durée de la culture

Situation	Durée d'incubation
Cas général (géloses aérobies)	3 jours
Géloses anaérobies (sauf LCR)	4 jours
LCR ventriculaire et de dérivation ventriculo-péritonéale	14 jours (bouillon)
Humeur aqueuse et humeur vitrée	7 jours (bouillon)
Prothèse articulaire	14 jours (géloses anaérobies et bouteilles)

Tout liquide synovial venant de l'orthopédie est traité comme un liquide de prothèse articulaire.

Comment lire le rapport

Rapport préliminaire chaque jour de lecture tant que la culture est négative.
Rapport préliminaire dès qu'un pathogène est identifié, sans attendre l'antibiogramme.
LCR : pas de section anaérobie au rapport. Il est rapporté « Culture négative après X jours d'incubation ».
Autres liquides : « Culture aérobie négative… » et « Culture anaérobie négative… » séparément.
« En sous-culture » : la croissance n'a eu lieu que dans le bouillon ou la bouteille d'hémoculture.
« 1 colonie de … » : une seule colonie a poussé sur un seul milieu.

Identification et antibiogramme

≤ 3 micro-organismes différents : tous rapportés, avec antibiogramme.
≥ 4 micro-organismes : le laboratoire consulte d'abord le microbiologiste.
Anaérobies : antibiogramme pour le LCR, la moelle osseuse et le liquide pleural.
Levures : antifongigramme toujours fait.

Voir aussi : Hémocultures · Antibiogramme · Tests de laboratoires

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 <div style="border-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">
-'''Le LCR est un site stérile : toute bactérie retrouvée est significative, jusqu'à preuve du contraire.'''
+'''Au laboratoire, le LCR suit le protocole des « liquides biologiques stériles ». Un liquide biologique stérile positif est une valeur critique : le résultat est téléphoné.'''
 </div>
-=== '''<big>Indications</big>''' ===
+=== '''<big>Liquides couverts par ce protocole</big>''' ===
-* Suspicion de '''méningite''' bactérienne, virale, fongique ou tuberculeuse
+* '''LCR''' (incluant LCR ventriculaire et LCR de dérivation ventriculo-péritonéale)
-* Suspicion d''''encéphalite'''
+* Liquide '''synovial''' (incluant prothèse articulaire)
-* Fièvre inexpliquée avec atteinte neurologique, altération de l'état de conscience, convulsions
+* Liquide '''pleural''', d''''ascite''', '''péricardique''', de '''dialyse péritonéale'''
-* Suspicion de '''ventriculite''' ou d'infection de dérivation ventriculaire / de matériel neurochirurgical
+* Liquide amniotique, moelle osseuse, humeur aqueuse et humeur vitrée
-* Contexte particulier : immunosupprimé, nouveau-né, neurosyphilis
-<div style="border-left: 4px solid #5b8fa8; background-color: #e4eff6; padding: 4px 10px; margin-bottom: 12px; border-radius: 3px; width: fit-content; box-shadow: none; border-top: none; border-right: none; border-bottom: none;">
+Les liquides qui peuvent contenir de la flore (drain, bile) suivent plutôt le protocole du pus profond (voir [[Culture de pus]]).
-'''Devant une suspicion de méningite bactérienne, on ne retarde jamais l'antibiothérapie (ni la dexaméthasone) pour attendre la ponction lombaire ou l'imagerie.''' On prélève des [[Hémocultures|hémocultures]], on traite, et on ponctionne dès que possible.
-</div>
+=== '''<big>Au laboratoire</big>''' ===
-=== '''<big>Prélèvement et tubes</big>''' ===
+* L'analyse est faite '''dès la réception''', en évitant les délais.
+* Les renseignements cliniques sont lus pour tenir compte du risque : '''les écrire sur la requête'''.
+* '''Pas de demande spéciale''', sauf avis contraire du microbiologiste.
+* Le spécimen est conservé '''7 jours''' à 4 °C.
-* La ponction lombaire se fait en conditions '''stériles'''. Le LCR est habituellement recueilli dans '''plusieurs tubes numérotés''' (en général 3 ou 4), répartis entre la biochimie (protéines, glucose), l'hématologie (décompte cellulaire et différentiel) et la microbiologie (examen direct, culture, tests moléculaires). '''La répartition exacte des tubes varie d'un centre à l'autre''' : suivre le protocole local.
+=== '''<big>Gram : le premier résultat</big>''' ===
-* Pour la microbiologie, on évite le premier tube, plus susceptible d'être contaminé par le prélèvement lui-même.
-* '''Acheminer le LCR immédiatement au laboratoire, à température ambiante.''' Ne pas réfrigérer l'échantillon destiné à la culture : certains pathogènes ([[Neisseria méningitidis|''Neisseria meningitidis'']], [[Hémophilus influenzae|''Haemophilus influenzae'']]) sont fragiles.
-* Une '''glycémie capillaire ou sérique simultanée''' est nécessaire pour interpréter le glucose du LCR.
-* Prélever des '''hémocultures en même temps''' : elles sont souvent positives dans les méningites bactériennes et peuvent sauver le diagnostic si la PL a été faite après les antibiotiques.
-=== '''<big>Examen direct au Gram</big>''' ===
+Un Gram est fait sur le liquide et rapporté dans un rapport préliminaire.
-* C'est le '''premier résultat disponible''', en quelques minutes à quelques dizaines de minutes, et il peut orienter l'antibiothérapie empirique.
+=== '''<big>Durée de la culture</big>''' ===
-* Il est '''spécifique mais imparfaitement sensible''' : un Gram négatif '''n'exclut pas''' une méningite bactérienne.
-* Sa sensibilité dépend de la concentration bactérienne dans le LCR et '''diminue si le patient a déjà reçu des antibiotiques'''.
-* Morphologies classiques à reconnaître : diplocoques à Gram positif ([[Streptococcus pneumoniae|pneumocoque]]), diplocoques à Gram négatif ([[Neisseria méningitidis|méningocoque]]), coccobacilles à Gram négatif ([[Hémophilus influenzae|''H. influenzae'']]), bacilles à Gram positif ([[Listeria monocytogenes|''Listeria'']]).
-=== '''<big>Culture et délais</big>''' ===
+{| class="wikitable" style="border-collapse:collapse"
+! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Situation
+! style="background:#1f4e68; color:#ffffff; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Durée d'incubation
+|-
+| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Cas général (géloses aérobies)
+| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | 3 jours
+|-
+| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Géloses anaérobies (sauf LCR)
+| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | 4 jours
+|-
+| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | LCR ventriculaire et de dérivation ventriculo-péritonéale
+| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | 14 jours (bouillon)
+|-
+| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Humeur aqueuse et humeur vitrée
+| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | 7 jours (bouillon)
+|-
+| style="background:#dde8f0; color:#1f4e68; font-weight:bold; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | Prothèse articulaire
+| style="background:#f3f8fb; border:1px solid #c4d6e4; padding:6px 10px;" | 14 jours (géloses anaérobies et bouteilles)
+|}
-* Le LCR est ensemencé sur milieux enrichis et incubé ; '''la majorité des pathogènes bactériens poussent en 24 à 48 h'''.
+'''Tout liquide synovial venant de l'orthopédie est traité comme un liquide de prothèse articulaire.'''
-* Les cultures sont gardées plus longtemps lorsqu'un germe à croissance lente est suspecté (infection de dérivation, ''Cutibacterium acnes'', mycobactéries, champignons) — '''le préciser sur la requête'''.
-* La '''mycobactériologie''' (culture et recherche de BAAR) et la '''mycologie''' exigent des demandes et des volumes de LCR distincts, souvent plus importants.
-* L'identification se fait ensuite par [[MALDI-TOF]], avec [[Antibiogramme|antibiogramme]].
-=== '''<big>Antigènes et tests complémentaires</big>''' ===
+=== '''<big>Comment lire le rapport</big>''' ===
-* '''Antigène cryptococcique (CrAg)''' — test de choix pour la cryptococcose, performant sur le LCR comme sur le sérum. C'est l'antigène le plus utile en pratique.
+* Rapport préliminaire '''chaque jour''' de lecture tant que la culture est négative.
-* '''Détection d'antigènes bactériens (agglutination au latex)''' — peu utilisée aujourd'hui : '''une recherche négative n'élimine pas une méningite bactérienne'''. Son principal intérêt résiduel est le LCR déjà décapité par les antibiotiques, et encore, les tests moléculaires l'ont largement remplacée.
+* Rapport préliminaire '''dès qu'un pathogène est identifié''', sans attendre l'antibiogramme.
-* '''Tests moléculaires''' : PCR ciblées (HSV, entérovirus, etc.) et panels multiplex méningite/encéphalite. Ils restent positifs malgré l'antibiothérapie, mais ne donnent '''pas''' d'antibiogramme et ne remplacent pas la culture. Voir [[Tests moléculaires (PCR et TAAN)]].
+* '''LCR''' : pas de section anaérobie au rapport. Il est rapporté « Culture négative après X jours d'incubation ».
+* Autres liquides : « Culture aérobie négative… » et « Culture anaérobie négative… » séparément.
+* « En sous-culture » : la croissance n'a eu lieu que dans le bouillon ou la bouteille d'hémoculture.
+* « 1 colonie de … » : une seule colonie a poussé sur un seul milieu.
-=== '''<big>Perles cliniques</big>''' ===
+=== '''<big>Identification et antibiogramme</big>''' ===
-* '''Toujours interpréter la culture avec le décompte cellulaire, le glucose et les protéines du LCR''', et avec la clinique. Les trois arrivent rarement en même temps.
+* '''≤ 3 micro-organismes''' différents : tous rapportés, avec antibiogramme.
-* Une '''PL traumatique''' (sang dans le LCR) complique l'interprétation du décompte cellulaire et augmente le risque de contamination cutanée de la culture.
+* '''≥ 4 micro-organismes''' : le laboratoire consulte d'abord le microbiologiste.
-* Chez un porteur de '''dérivation ventriculaire''', les SCN et ''Cutibacterium'' deviennent des pathogènes plausibles : l'interprétation est inverse de celle des [[Hémocultures|hémocultures]].
+* Anaérobies : antibiogramme pour le LCR, la moelle osseuse et le liquide pleural.
-* Un LCR prélevé '''après''' les antibiotiques peut avoir une culture stérile malgré une méningite bactérienne : la chimie et la cellularité restent anormales.
+* Levures : antifongigramme toujours fait.
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 Voir aussi : [[Hémocultures]] · [[Antibiogramme]] · [[Tests de laboratoires]]