Tests moléculaires (PCR et TAAN)

Un test moléculaire détecte du matériel génétique, pas un micro-organisme vivant. C'est à la fois sa force et sa limite.

TAAN = test d'amplification des acides nucléiques (en anglais : NAAT). La PCR en est la technique la plus répandue.

Principe

• Le test cible une séquence d'ADN ou d'ARN propre au micro-organisme recherché.
• Cette séquence est amplifiée en millions de copies par cycles successifs, puis détectée.
• Le résultat peut être qualitatif (présent / absent) ou quantitatif (charge virale, par exemple).
• Un test peut être ciblé (un seul pathogène) ou multiplex (panel de plusieurs pathogènes en un seul passage).

Ce que ça détecte

• Panels multiplex : respiratoire, gastro-intestinal, méningite/encéphalite, ou identification directe à partir d'une hémoculture positive
• Germes difficiles ou longs à cultiver : Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Legionella, mycobactéries
• Virus, pour lesquels la culture n'est pas une option de routine
• Gènes de résistance ciblés : mecA / mecC (SARM), vanA / vanB (ERV), carbapénémases, etc.
• Toxines : le gène de la toxine B du Clostridioides difficile (voir Culture de selles)

Forces

• Rapidité : résultat en quelques heures plutôt qu'en quelques jours
• Sensibilité élevée : détecte de très faibles quantités de matériel génétique
• Reste positif malgré l'antibiothérapie déjà amorcée, alors que la culture peut être décapitée
• Permet de détecter des pathogènes non cultivables de routine

Limites

Pas d'antibiogramme. Un TAAN ne donne pas de profil de sensibilité : quand on a besoin d'un antibiogramme ou d'une surveillance épidémiologique, la culture reste nécessaire.

• Détecte de l'ADN/ARN, vivant ou mort : le test peut rester positif après la guérison, parfois des semaines (coqueluche, SARS-CoV-2, C. difficile).
• Ne distingue pas colonisation et infection : un TAAN positif sur un site non stérile doit être interprété avec la clinique. C'est exactement le piège du C. difficile (porteur sain) et des panels respiratoires.
• Ne cherche que ce qui est dans le panel : un résultat négatif n'exclut que les cibles testées. Il faut savoir ce que le panel de votre laboratoire contient.
• Faux négatifs possibles : mauvais site ou mauvais moment de prélèvement, charge sous le seuil de détection, inhibiteurs présents dans l'échantillon, variation génétique de la cible.
• Faux positifs possibles : contamination du prélèvement ou de l'amplicon.
• Les gènes de résistance détectés sont partiels : l'absence de gène recherché n'équivaut pas à « sensible », et la présence d'un gène ne prédit pas toujours le phénotype.
• Coût plus élevé et accès variable selon les centres.

Perles cliniques

• Demandez-vous toujours : est-ce que ce résultat change ma conduite ? Un panel multiplex positif chez un patient asymptomatique ne se traite pas.
• Sur une hémoculture positive, la PCR d'identification rapide permet d'ajuster l'antibiothérapie des heures avant l'identification complète — mais l'antibiogramme suit plus tard.
• Un TAAN positif en l'absence de clinique compatible ne fait pas un diagnostic : c'est le patient qu'on traite, pas le test.

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Voir aussi : Culture de selles · Culture de LCR · Sérologies · Tests de laboratoires