Culture de liquides biologiques stériles

Le LCR est un site stérile : toute bactérie retrouvée est significative, jusqu'à preuve du contraire.

Indications

Suspicion de méningite bactérienne, virale, fongique ou tuberculeuse
Suspicion d'encéphalite
Fièvre inexpliquée avec atteinte neurologique, altération de l'état de conscience, convulsions
Suspicion de ventriculite ou d'infection de dérivation ventriculaire / de matériel neurochirurgical
Contexte particulier : immunosupprimé, nouveau-né, neurosyphilis

Devant une suspicion de méningite bactérienne, on ne retarde jamais l'antibiothérapie (ni la dexaméthasone) pour attendre la ponction lombaire ou l'imagerie. On prélève des hémocultures, on traite, et on ponctionne dès que possible.

Prélèvement et tubes

La ponction lombaire se fait en conditions stériles. Le LCR est habituellement recueilli dans plusieurs tubes numérotés (en général 3 ou 4), répartis entre la biochimie (protéines, glucose), l'hématologie (décompte cellulaire et différentiel) et la microbiologie (examen direct, culture, tests moléculaires). La répartition exacte des tubes varie d'un centre à l'autre : suivre le protocole local.
Pour la microbiologie, on évite le premier tube, plus susceptible d'être contaminé par le prélèvement lui-même.
Acheminer le LCR immédiatement au laboratoire, à température ambiante. Ne pas réfrigérer l'échantillon destiné à la culture : certains pathogènes (Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae) sont fragiles.
Une glycémie capillaire ou sérique simultanée est nécessaire pour interpréter le glucose du LCR.
Prélever des hémocultures en même temps : elles sont souvent positives dans les méningites bactériennes et peuvent sauver le diagnostic si la PL a été faite après les antibiotiques.

Examen direct au Gram

C'est le premier résultat disponible, en quelques minutes à quelques dizaines de minutes, et il peut orienter l'antibiothérapie empirique.
Il est spécifique mais imparfaitement sensible : un Gram négatif n'exclut pas une méningite bactérienne.
Sa sensibilité dépend de la concentration bactérienne dans le LCR et diminue si le patient a déjà reçu des antibiotiques.
Morphologies classiques à reconnaître : diplocoques à Gram positif (pneumocoque), diplocoques à Gram négatif (méningocoque), coccobacilles à Gram négatif (H. influenzae), bacilles à Gram positif (Listeria).

Culture et délais

Le LCR est ensemencé sur milieux enrichis et incubé ; la majorité des pathogènes bactériens poussent en 24 à 48 h.
Les cultures sont gardées plus longtemps lorsqu'un germe à croissance lente est suspecté (infection de dérivation, Cutibacterium acnes, mycobactéries, champignons) — le préciser sur la requête.
La mycobactériologie (culture et recherche de BAAR) et la mycologie exigent des demandes et des volumes de LCR distincts, souvent plus importants.
L'identification se fait ensuite par MALDI-TOF, avec antibiogramme.

Antigènes et tests complémentaires

Antigène cryptococcique (CrAg) — test de choix pour la cryptococcose, performant sur le LCR comme sur le sérum. C'est l'antigène le plus utile en pratique.
Détection d'antigènes bactériens (agglutination au latex) — peu utilisée aujourd'hui : une recherche négative n'élimine pas une méningite bactérienne. Son principal intérêt résiduel est le LCR déjà décapité par les antibiotiques, et encore, les tests moléculaires l'ont largement remplacée.
Tests moléculaires : PCR ciblées (HSV, entérovirus, etc.) et panels multiplex méningite/encéphalite. Ils restent positifs malgré l'antibiothérapie, mais ne donnent pas d'antibiogramme et ne remplacent pas la culture. Voir Tests moléculaires (PCR et TAAN).

Perles cliniques

Toujours interpréter la culture avec le décompte cellulaire, le glucose et les protéines du LCR, et avec la clinique. Les trois arrivent rarement en même temps.
Une PL traumatique (sang dans le LCR) complique l'interprétation du décompte cellulaire et augmente le risque de contamination cutanée de la culture.
Chez un porteur de dérivation ventriculaire, les SCN et Cutibacterium deviennent des pathogènes plausibles : l'interprétation est inverse de celle des hémocultures.
Un LCR prélevé après les antibiotiques peut avoir une culture stérile malgré une méningite bactérienne : la chimie et la cellularité restent anormales.

Voir aussi : Hémocultures · Antibiogramme · Tests de laboratoires