Tests moléculaires (PCR et TAAN)

Un test moléculaire détecte du matériel génétique, pas un micro-organisme vivant. C'est à la fois sa force et sa limite.

TAAN = test d'amplification des acides nucléiques (en anglais : NAAT). La PCR en est la technique la plus répandue.

Principe

Le test cible une séquence d'ADN ou d'ARN propre au micro-organisme recherché.
Cette séquence est amplifiée en millions de copies par cycles successifs, puis détectée.
Le résultat peut être qualitatif (présent / absent) ou quantitatif (charge virale, par exemple).
Un test peut être ciblé (un seul pathogène) ou multiplex (panel de plusieurs pathogènes en un seul passage).

Ce que ça détecte

Panels multiplex : respiratoire, gastro-intestinal, méningite/encéphalite, ou identification directe à partir d'une hémoculture positive
Germes difficiles ou longs à cultiver : Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Legionella, mycobactéries
Virus, pour lesquels la culture n'est pas une option de routine
Gènes de résistance ciblés : mecA / mecC (SARM), vanA / vanB (ERV), carbapénémases, etc.
Toxines : le gène de la toxine B du Clostridioides difficile (voir Culture de selles)

Forces

Rapidité : résultat en quelques heures plutôt qu'en quelques jours
Sensibilité élevée : détecte de très faibles quantités de matériel génétique
Reste positif malgré l'antibiothérapie déjà amorcée, alors que la culture peut être décapitée
Permet de détecter des pathogènes non cultivables de routine

Limites

Pas d'antibiogramme. Un TAAN ne donne pas de profil de sensibilité : quand on a besoin d'un antibiogramme ou d'une surveillance épidémiologique, la culture reste nécessaire.

Détecte de l'ADN/ARN, vivant ou mort : le test peut rester positif après la guérison, parfois des semaines (coqueluche, SARS-CoV-2, C. difficile).
Ne distingue pas colonisation et infection : un TAAN positif sur un site non stérile doit être interprété avec la clinique. C'est exactement le piège du C. difficile (porteur sain) et des panels respiratoires.
Ne cherche que ce qui est dans le panel : un résultat négatif n'exclut que les cibles testées. Il faut savoir ce que le panel de votre laboratoire contient.
Faux négatifs possibles : mauvais site ou mauvais moment de prélèvement, charge sous le seuil de détection, inhibiteurs présents dans l'échantillon, variation génétique de la cible.
Faux positifs possibles : contamination du prélèvement ou de l'amplicon.
Les gènes de résistance détectés sont partiels : l'absence de gène recherché n'équivaut pas à « sensible », et la présence d'un gène ne prédit pas toujours le phénotype.
Coût plus élevé et accès variable selon les centres.

Perles cliniques

Demandez-vous toujours : est-ce que ce résultat change ma conduite ? Un panel multiplex positif chez un patient asymptomatique ne se traite pas.
Sur une hémoculture positive, la PCR d'identification rapide permet d'ajuster l'antibiothérapie des heures avant l'identification complète — mais l'antibiogramme suit plus tard.
Un TAAN positif en l'absence de clinique compatible ne fait pas un diagnostic : c'est le patient qu'on traite, pas le test.

Voir aussi : Culture de selles · Culture de LCR · Sérologies · Tests de laboratoires