Antibiogramme

L'antibiogramme teste une bactérie dans un tube, pas un patient dans un lit. « Sensible » veut dire « l'antibiotique peut tuer cette bactérie », pas « c'est le bon traitement ».

Les deux grandes méthodes

Diffusion en disque (Kirby-Bauer)

Un disque imprégné d'antibiotique est déposé sur une gélose ensemencée uniformément avec la bactérie.
L'antibiotique diffuse et crée une zone d'inhibition dont on mesure le diamètre.
Le diamètre est comparé à des seuils pour classer l'isolat en S, I ou R.
Simple et peu coûteux, mais qualitatif : il donne une catégorie, pas de valeur chiffrée.

Concentration minimale inhibitrice (CMI)

La CMI est la plus faible concentration d'antibiotique qui inhibe la croissance visible de la bactérie, exprimée en mg/L.
Obtenue par microdilution en bouillon, par bandelette à gradient de concentration, ou par les automates utilisés en routine.
Quantitative : elle permet de situer l'isolat par rapport au seuil critique (breakpoint) et de suivre une dérive de sensibilité.

On ne compare pas les CMI entre deux antibiotiques différents. Une CMI de 0,5 pour une molécule n'est pas « meilleure » qu'une CMI de 4 pour une autre : chaque molécule a ses propres seuils, qui tiennent compte de sa pharmacocinétique et des doses usuelles.

Les catégories d'interprétation (CLSI)

Catégorie	Signification
S — Sensible	Succès thérapeutique probable avec la posologie usuelle approuvée pour ce type d'infection.
SDD — Sensible, dépendant de la dose	Sensible uniquement si on utilise la posologie élevée (dose et/ou fréquence maximales approuvées). Un « SDD » traité comme un « S » avec une dose standard est un échec annoncé.
I — Intermédiaire	Zone tampon : effet incertain. Peut rester utilisable si l'antibiotique se concentre au site (ex. urines) ou si la dose peut être majorée. À discuter.
R — Résistant	Échec probable : ne pas utiliser.

Les seuils d'interprétation sont révisés périodiquement par le CLSI ; les catégories dépendent de l'espèce bactérienne et du site d'infection. Un même antibiotique peut donc avoir des seuils différents selon la bactérie.

Comment lire un antibiogramme

Vérifier le prélèvement : quel site, quelle date, quelle technique. Un antibiogramme sur un prélèvement de mauvaise qualité ne vaut pas mieux que le prélèvement.
Vérifier l'espèce identifiée et se demander si elle est plausible comme pathogène à ce site (voir Culture de pus).
Lire le profil complet, pas une seule ligne. La combinaison des résultats révèle un phénotype de résistance : BLSE, AmpC, SARM, ERV, carbapénémase. Voir Les résistances aux antibiotiques.
Comprendre ce qui n'est pas affiché. Les laboratoires rapportent « en cascade » : les molécules à large spectre ne sont dévoilées que si les molécules de première ligne sont résistantes. Un antibiotique absent du rapport n'est pas forcément inactif — il faut appeler le laboratoire.
Reconnaître les tests complémentaires : céfoxitine ou oxacilline pour dépister le SARM, D-test pour la résistance inductible à la clindamycine chez les staphylocoques et les streptocoques, détection des carbapénémases.
Choisir le spectre le plus étroit qui couvre le pathogène : c'est tout le but de la culture (voir Culture de pus).

Pourquoi un antibiotique « sensible » n'est pas toujours le bon choix

La pénétration au site — l'antibiotique doit s'y rendre. Exemples classiques : la daptomycine est inactivée par le surfactant pulmonaire ; la nitrofurantoïne et la fosfomycine ne traitent que la vessie, jamais une pyélonéphrite ni une bactériémie ; plusieurs molécules ne franchissent pas le LCR, l'os, l'œil ou une prothèse.
Le type d'infection — endocardite, méningite, infection sur matériel : il faut un agent bactéricide et souvent des doses élevées, même si une molécule bactériostatique est rapportée sensible.
Le risque d'émergence de résistance sous traitement — l'exemple type : les Enterobacter, Serratia et Citrobacter porteurs d'une AmpC inductible, qui peuvent devenir résistants aux céphalosporines de 3^e génération en cours de traitement malgré un antibiogramme « sensible » au départ.
La source n'est pas contrôlée — aucun antibiotique ne remplace un drainage, un débridement ou le retrait d'un cathéter infecté.
Le patient — allergies, fonction rénale et hépatique, interactions, grossesse, voie d'administration, observance, coût, toxicités.
L'écologie — élargir le spectre sans nécessité favorise la résistance et le C. difficile.
Ce qui n'est pas testé — l'antibiogramme n'est pas fait de routine pour les anaérobies ni pour plusieurs germes fastidieux ; on se fie alors aux profils de sensibilité habituels de l'espèce.

Perles cliniques

Les seuils supposent les posologies standards. Choisir une dose plus faible que celle utilisée pour définir le seuil annule la validité du « S ».
Une CMI qui monte d'un cran dans la catégorie « sensible » reste sensible — mais chez un patient qui ne répond pas, c'est une information à relayer au microbiologiste.
Un isolat polymicrobien sur un site non stérile peut générer un antibiogramme pour une bactérie qui n'est que de la flore. Revenir au prélèvement et à la clinique.
En cas de doute sur un profil inhabituel, appeler le laboratoire ou le microbiologiste de garde : c'est plus rapide que d'essayer de deviner.

Voir aussi : Les résistances aux antibiotiques · Antibiotiques · Culture de pus · Tests de laboratoires